Das Gebiet von Jungholz wurde durch Untertanen von Rettenberg und Montfort als mittelalterliche Ausbausiedlung vom Allgäu her urbar gemacht.

Am 24. Juni 1342 ging das "Guet Junckholtz" von dem Wertacher Hermann Häselin durch Kauf an Heinz Lochpyler über, welcher der Marktgenossenschaft Tannheim angehörte und dorthin steuerpflichtig war.

Im 15.Jahrhundert, erwarben die Tiroler Landesfürsten die Allgäuer Besitzungen im Tannheimer Tal. Jungholz aber lag im Machtbereich der Augsburger Fürstbishöfe und wurde von diesen erst nach langwierigen Verhandlungen als tirolische Gemeinde anerkannt.

Da diese aber auf keinem direkten Weg vom Mutterland aus zu erreichen ist, kam sie

am 3. Mai 1868 durch einen Staatsvertrag zwischen Österreich und Bayern in den bayerischen Zollverband und wurde deutsches Wirtschaftsgebiet. Seit seiner Besiedlung gehörte Jungholz zur Pfarre Wertach, über welche die Herren von Rettenberg das Patronatsrecht innehatten.

Dieses berechtigte zur Mitsprache bei der Besetzung des Pfarrerpostens, wurde jedoch im Jahre des Herrn 1331 an das Stift Stams in Tirol verkauft.

Anstelle einer früheren Kapelle entstand 1713 eine kleine Kirche. Gleichzeitig erfolgte die Ernennung des ersten Kaplans und im folgenden Jahr der Bau des Kaplaneihäuschens, welches großzügig mit landwirtschaftlichem Grund ausgestattet wurde.

Nach Errichtung des Friedhofs konnte Jungholz 1786 zu einer von Wertach weitgehend unabhängigen Lokalkaplanei ernannt werden. Diese wurde dem Pfarrbezirk Tannheim zugerechnet, der gleichzeitig vom Landkapitel Kempten abgetrennt und dem neu errichteten Landkapitel Reutte angegliedert wurde.

1789 fand die Weihe der heutigen Kirche statt und 1891 wurde Jungholz zur Pfarrei erhoben.

Seit 1992 hat die Gemeinde keinen eigenen Geistlichen mehr und wird seelsorgerisch von Schattwald mitbetreut.

Von alters her waren Viehzucht und Alpwirtschaft die wirtschaftliche Grundlage der Bewohner. Allerdings verkleinerte sich das Weidegebiet, als Dr. Ulrich Bach, der "Wertacher Schimmelreiter", der Sage nach im 15.Jahrhundert den Wertachern durch einen listigen Schiedsspruch zur Sorgalpe verholfen haben soll, die nach früheren Grenzbeschreibungen zu Jungholz gehörte. 

Bis ins 19.Jahrhundert bildeten auch Nagelschmieden, Getreide- und Sägemühlen sowie die Herstellung von Loden und Leinwand zusätzlichen Erwerb. Heute wird das Wirtschaftsbild vom Fremdenverkehr geprägt, wozu seit 1948 der Bau der Liftanlagen ebenso beitrug wie der stetige Ausbau von Hotel- und Privatunterkünften.

Elektrisches Licht brannte in Jungholz erstmals zur Christnacht 1901.

1954 bezogen Gemeindeverwaltung, Tourismusverband, Schule und Post das neue Amtsgebäude, in den Jahren 1965 - 1972 erstellte die Gemeinde die zentrale Wasserversorgung sowie 1979 - 1985 die Abwasserbeseitigungsanlage.

1993 wurde das neue Feuerwehrhaus als Mehrzweckgebäude fertiggestellt. Der Ort liegt 1.058 m hoch, das Gemeindegebiet umfasst 7,06 km² und berührt nur an einem geometrischen Punkt auf dem 1.638 m hohen Sorgschrofen das Land Tirol.

Im Gemeindewappen versinnbildlicht der aus einem Flügel des Tiroler Adlers wachsende grüne Zweig die Besiedlungsgeschichte und die Zugehörigkeit von Jungholz zu Tirol.